Bei Kanalbauarbeiten in den Jahren 1948/49 (siehe auch unten angefügten Zeitungsausschnitt) fand man etwa 6 Meter unter dem Strassenniveau Reste von Gebäuden des römischen Legionslagers. Es gelang diese zu konservieren, die Grabungen wurden erweitert und schliesslich 1950 erstmals als unterirdisches Museum zugänglich gemacht.

2007/2008 wurde das Museum grosszügig erweitert, der Eingangsbereich auf das Strassenniveau verlegt und in einer oberen Etage zusätzliche Ausstellungsflächen geschaffen.

Erstmals wird hier versucht, nicht nur Fundstücke zu präsentieren, sondern auch auf verschiedenste Aspekte des Zusammenlebens von nahezu 30.000 Menschen, davon 6.000 Legionären, Einheimischen und Zugezogenen, Handwerkern, Händlern und Bauern vor etwa 1900 Jahren aufzuzeigen.

Es werden die neuesten archäologischen Forschungs-ergebnisse, betreffend des Lagers aber auch der Zivilstadt, gezeigt. Nicht nur Kunstgegenstände sondern auch Gegenstände des täglichen Lagerlebens werden in zahlreichen Vitrinen dargeboten.

Mittels mehrerer Groß-Monitore werden Computer-Simulationen vom römischen Vindobona gezeigt. Sie bieten eine interessante Zeitreise und zeigen in perfekten dreidimensionalen Bildanimationen das Militärlager sowie die Zivilstadt mit vielen Details. So erhält man auch einen Überblick über die genial angelegte Wasserversorgung der Römischen Ansiedlung aus dem Quellgebiet der Liesing, 20km südlich von Vindobona.